Das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit (BMU) ist für die NAJU auf Bundesebene ein wichtiger Partner. Es fördert regelmäßig von der NAJU beantragte Projekte. Die Zusammenarbeit mit dem BMU geht aber weit darüber hinaus. Es finden auch fachliche Austausche zb. zu den Erneuerbaren Energien im Jugendbündnis Zukunftsernergie (JBZE) statt.

Das Bundesministerium für Familie, Senioren, Frauen und Jugend (BMFSFJ) unterstützt die NAJU auf Bundesebene aus Mitteln des Kinder- und Jugendplans. Es fördert damit die Struktur des Jugendverbandes und stellt einen der wichtigsten Fördergeldgeber dar.

Deutsche Bundesstiftung Umwelt (DBU) fördert aktuell das Projekt Nature's12, das im Januar 2011 bewilligt wurde. 
Die Kooperation mit der DBU findet auch zum DBU Wettbewerb Entdecke die Vielfalt statt.

Arla, der NABU und die NAJU möchten Kinder darin unterstützen, die Natur wiederzuentdecken und sie dafür begeistern, sich für den Schutz und den Erhalt der Natur einzusetzen. Seit Anfang 2011 begleitet Arla daher das Projekt "Kinder entdecken die Natur".

Die NAJU ist Mitglied im Deutschen Bundesjugendring (DBJR). Der DBJR ist ein starkes Netzwerk der Jugendverbände in Deutschland. In seinen 24 Mitgliedsverbänden, fünf Anschlussverbänden und den 16 Landesjugendringen sind rund 5,5 Millionen Jugendliche organisiert. Auf dieser breiten Basis repräsentiert der DBJR die Vielfalt jugendlicher Belange und Forderungen - gegenüber Parlament und Regierung und auch als Lobby für junge Menschen in der Öffentlichkeit. Dazu gehört auch die Zusammenarbeit in der internationalen Jugendpolitik mit Jugendorganisationen im Ausland.

Youth and Environment Europe (YEE) ist ein Zusammenschluß von über 50 Verbänden im Jugendumweltbereich. Die Mitgliedsorganisationen kommen aus 28 verschiedenen Ländern Europa’s und angrenzender Regionen. Ziel von YEE ist, Jugendliche zu einem Engagement für die Umwelt zu ermutigen und eine Plattform für Zusammenarbeit und Austausch zu schaffen.

Von der Mitgliederzahl her ist die NAJU der größte Mitgliedsverband. Ein gemeinsames Projekt mit YEE war die Entwicklung der Internetplattform www.eurotope.net , gefolgt vom derzeit aktuellen Projekt “Biodiversity On the Edge”. Für NAJU Aktive gibt es über YEE außerdem die Möglichkeit, an spannenden internationalen Trainingskursen, Austauschen und Kampagnen teilzunehmen.

In Kooperation mit der Karlshochschule schreibt die NAJU zum Wintersemester 2012/13 ein Stipendium für den Studiengang „Internationales Energiemanagement“ aus. Das

Stipendium umfasst die Studiengebühren für das dreijährige Bachelorstudium an der Karlshochschule.